המכון לאסטרטגיה ציונית עוסק באתגרים מרובים במקביל. השלמתו המלאה והמוצלחת של פרויקט העוסק באתגר אחד בלבד דורשת משאבים ניכרים, על אחת כמה וכמה כאשר מעריכים את מכלול פעילותו המחקרית של המכון. פרויקט של המכון לאסטרטגיה ציונית מצריך את העסקתם של מנהל ועוזר-מנהל במשרה מלאה, כמו גם את שירותיהם של מגוון יועצים ומומחים.
הפרוייקטים אותם מנהל המכון מתקדמים לפי מתווה כללי אחיד:
1.מחקר. איסוף העובדות. אלמנט זה איננו בהכרח פשוט או ברור. ספקי מידע רבים עלולים להיות מוטים או מטעים. את התמונה האמיתית בנוגע לסוגיה הנדונה יש לקבוע ממקורות ראשוניים. לרוב, זהו תהליך ממושך המצריך יסודיות, התמדה ואורך רוח.
2.פתרון בעיות. ברגע שהעובדות והנתונים נאספו ועובדו ברמה ראויה של מהימנות וודאות, מצטיירת תמונה אמיתית של הסוגיה בה ניתן עתה לטפל. בנקודה זו משלבים כוחות בחסות המכון מובילי דעה, מנהיגי ציבור, אקדמאים ושאר מקצוענים ומומחים בעלי שם בתחום הנדון, ויחדיו בוחנים את תמונת המצב כפי שנתקבלה, שוקלים ודנים בפתרונות אפשריים.
3.ניירות עמדה. לאחר שהסתיים ניתוח הסוגיה, המכון יפרסם את ממצאיו. בכללם, הממצאים יכללו הצעות ואפשרויות מעשיות לנקיטת פעולה בטווח המיידי, על מנת לקדם את פתרון הבעיה.
4.השפעה על מדיניות. עיקר מאמציו של המכון יופנו מעתה ואילך להצגת ההמלצות לגורמי קבלת ההחלטות בישראל. מלבד חשיפת הממצאים לציבור הכללי ומיצוב הנושא על סדר היום הלאומי, ישנה חשיבות עילאית להעביר למקבלי ההחלטות את התמונה העובדתית המלאה, כמו גם את אסטרטגיות הפעולה האפשריות, על מנת שיוכלו לשמש חלופה לאלו המוצעות על ידי גופי מחקר וקבוצות חשיבה פוסט ואנטי ציוניים.
כיום, זהו הנתיב ההגיוני היחיד להובלת שינוי בזירה הפוליטית הישראלית.
פן חשוב בפעילות המכון מהווים האירועים המגוונים אותם הוא מארח במהלך השנה. בין היתר אלו כוללים:
תדריכים- יידוע ועדכון של מנהיגים ומומחים נבחרים בנוגע לממצאיו האחרונים של המכון.
פאנלים- קבוצות מומחים המתדיינות בסוגיה בוערת אל מול קהל משתתפים נבחר.
דיוני שולחן עגול- קבוצות גדולות של מומחים ומנהיגים המלטשים ממצאים ראשוניים של המכון.
אירועי ערב- התכנסויות אינטימיות ורשמיות פחות של מנהיגים ואורחים, כאשר באופן טיפוסי נואם מולן דובר אורח מיוחד.
ועידות- אירועים לציבור הרחב בהם מוצגים ממצאים , אסטרטגיות וכיווני מדיניות אשר פותחו על ידי המכון.
